Le Conservatoire, propriétaire des sites, en fait assurer la gestion par des partenaires-gestionnaires. La gestion est proposée en priorité aux collectvités territoriales. Les gestionnaires sont les employeurs des gardes du littoral qui assurent au plus près des terrains, la surveillance et l’entretien quotidien des sites. Ils participent aux investissements et projets lancés par le Conservatoire dans le cadre du plan de gestion.
La gestion des sites est proposée aux collectivités territoriales, parfois à des établissements publics, comme le Parc national de Port-Cros ou, enfin, des associations agréées, comme la Ligue pour la Protection des Oiseaux ou la Société nationale de protection de la nature.
Le tiers du budget d’investissement du Conservatoire est consacré aux travaux de restauration et d’aménagement (les deux autres tiers étant consacrés à l’acquisition foncière). Les gestionnaires et partenaires participent souvent à ces investissements et supportent la charge de la gestion courante. Le budget consolidé de la gestion est estimé à 50M€ par an, équivalent au budget global du Conservatoire.
Le dispositif de gestion d’un site du Conservatoire du littoral comprend un volet juridique, un volet technique et un mode de gouvernance.
Une convention de gestion, fixant les droits et obligations de chacun, lie le Conservatoire et un ou plusieurs organismes gestionnaires, dont le personnel affecté au site pourra être commissionné en tant que garde du littoral, investi de pouvoirs de police. Le gestionnaire perçoit les revenus du site et assure le financement des charges, qui excèdent bien sûr le plus souvent les recettes. Il s’agit du volet juridique.
Un document prévisionnel fixant les grandes orientations de gestion, les travaux et aménagements nécessaires, les opérations courantes à réaliser, constitue le volet technique. Il est élaboré en concertation avec les partenaires du site et validé par le directeur du Conservatoire.
La gouvernance repose sur le tandem Propriétaire – Gestionnaire. Autour d’eux, si la taille du site le justifie, un comité de gestion permet un échange régulier et une évaluation partagée de l’action menée. Le Conservatoire développe également une évaluation globale de l’état des sites vis-à-vis du patrimoine naturel, du patrimoine culturel et de la notion d’accueil du public.